Как сделать изменение системы оплаты труда?

Добрый день! Можно, но это изменение существенных условий трудового договора и оно возможно только по обоюдному согласию сторон, в противном случае Вам придется действовать в порядке статьи 74 ТК РФ и сокращать людей.