Имеет ли право военкомат вмешиваться в делопроизводство вуза?

Добрый день! Вообще делать пометки на первичных документах закон прямо не запрещает, нет такого запрета. Но в целом это конечно моветон. Вмешиваться в саму систему делопроизводства военкомат конечно не может, но он может проверять, как говориться в части его касающейся и дать рекомендации. Обычно составляется акт по итогам, где указываются недостатки и оценка. Отнеситесь к этому проще, вероятно военкомат хочет чтобы документы были переделаны. Иногда проверяющие идут на встречу и дают время исправить недостатки, в таком случае пометки бывают даже полезны.